【冰川】 喀什地区的帕米尔高原、喀喇昆仑山、昆仑山冰川分布很广。在帕米尔东部山地，冰川总面积2200多平方千米。其中公格尔山-慕士塔格山冰川面积635平方千米，冰层厚度100米，几乎整个山体都被冰层所覆盖。慕士塔格东坡的可可西里冰川、西北坡的羊布拉克冰川、公格尔山北坡的克拉牙-克拉冰川等都长达20千米，气势磅礴，景观奇异。喀喇昆仑山分布着巨大的冰雪层和冰川，其中著名的音苏提冰川长40.2千米，是中国最大的冰川之一。这些冰川为喀什提供了比较稳定的水资源，故有“固体水库”之称。
【河流】 喀什地区水系受地形地貌、地域降水影响，各河系的源头都位于冰川、山区积雪带，随着山区水分的融冻而使各河的年内枯洪变化明显。各河都为融补型河流。全区有5大河流，另有短程河3条。
叶尔羌河是喀什地区最大的河流，支流众多，较大的支流有塔什库尔干河、克勒肯河。它发源于喀喇昆仑山的乔戈里峰，属融雪补给型。河流全长1000千米，流域面积10.81万平方千米，灌溉着地区农田面积最大的绿洲——叶尔羌河平原。即莎车县、泽普县、麦盖提县、巴楚县及叶城县、岳普湖县部分农田。夏洪期有余水灌溉下游胡杨林区，在阿瓦提县汇入塔里木河(占塔里木河水量的17％)。
克孜勒河发源于吉尔吉斯斯坦境内的特拉普齐亚峰，吉尔吉斯斯坦境内流长778千米，中国境内流长900千米，流域面积1.51万平方千米。克孜勒河进入平原及疏附县苏乎鲁克处分为南北两支，南支喀什噶尔河、北支克孜尔保依河。克孜勒河下游汇集于三角洲的伽师县到西克水库消失。克孜勒河灌溉区包括疏附县、疏勒县、喀什市、伽师县。
盖孜河源于慕士塔格峰、公格尔峰、阿克塞巴什峰的融雪，以融雪补给为主，雨水补给量极少。盖孜河河长320千米，流域面积1.62万平方千米，有3条支流，水量较丰的支流为木吉河，另有库西瓦尔及拉依艾更(泉水)支流。盖孜河下游至三角洲的岳普湖县铁里木消失。灌溉区包括疏附、疏勒、岳普湖等县。由于春季融雪量少，故径流量不能满足灌溉用水需要，时有春旱。
库山河源于慕士塔格峰、公格尔冰峰，以融冰补给为主。河长200多千米，流域面积0.89万平方千米，由卡拉塔什和且木干两条支流汇合而成，另有皮河克和罕铁列克小溪注入。灌溉区包括疏勒县、英吉沙县，并消失于疏勒和英吉沙两县。
依格孜亚河发源于昆仑山北麓的不勒干积雪带，虽有融雪补给，但其径流形成主要依赖降水和泉水补给。河长76千米，灌区只有英吉沙县依格孜也尔乡农田，下游消失于山前洪积扇。
另有恰克马克河，因上游引水量大，至喀什地区境内基本断流，只有在暴雨时才有山洪下泄(历史上曾流入克孜勒河)，平时河床干涸。吐曼河为地下水补给河，由山前洪积扇、冲积平原的降水下渗补给，浇灌英吾斯坦乡、阿克喀什乡。提孜那甫河发源于昆仑山的阳吉峰，属融雪补给型。河长430千米，流域面积1.46万平方千米。提孜那甫河流经叶城县境界，最后消失在塔克拉玛干大沙漠。河水灌溉叶城县农田及少量麦盖提县农田。春季水量少，个别年份甚至断流，时有春旱发生。乌鲁克河、柯克亚河、棋盘河均发源于昆仑山北麓，沿河谷北下，属降水、地下水混合补给型。
【地下水】 喀什地区地下水的动储量约在50亿～60亿立方米(包括上层滞水)。地下水主要补给区是在洪积扇、冲积扇。各大河流在出山口后的砾质洪积物上大量渗漏，其渗漏量约占河水的30％以上，是平原区地下水径流形成的主要来源。地下水运动规模在上游扇形地上主要为补给形成区，至下游则为蒸发消耗区。
